Die Militärdiktatur ab 1953 führte zu einem Ausbau der Stadt Richtung Westen, überwiegend dadurch, dass der internationale Flughafen Aeropuerto Internacional El Dorado zu dieser Zeit gebaut wurde, und dass die Stadt sich wegen der natürlichen Grenze der Berge nicht mehr weiter Richtung Osten ausdehnen konnte. Am 1. Januar 1955 erfolgte die Eingemeindung der Vororte Bosa, Engativa, Fontibon, Suba, Usme und Usaquén nach Bogotá sowie die Gründung des Distrito Especial innerhalb der Provinz Cundinamarca. Die kurze Diktatur wurde 1957 von einer institutionalisierten Koalition zwischen liberaler und konservativer Partei, des sogenannten Frente Nacional (Nationale Front), abgelöst.
1961 besuchte der US-Präsident John Fitzgerald Kennedy die Stadt im Rahmen des Programms Allianz für den Fortschritt. Diese hatte zum Ziel, die lateinamerikanischen Mitglieder der Organisation Amerikanischer Staaten den USA näher zu bringen, da diese die sowjetische Einflussnahme in diesen Staaten nicht gerne sahen. Aus diesem Besuch entstand einer der größten Stadtteile Bogotás, Ciudad Kennedy, der heutzutage mehr als eine Million Einwohner fasst. Nach dem Bogotazo durchlebte das Land Kolumbien eine Welle der Gewalt nach der anderen. Dies führte dazu, dass die Hauptstadt zum Zufluchtsort von Vertriebenen wurde. Sie wuchs im 20. Jahrhundert von weniger als einer halben auf mehr als sieben Millionen Einwohner.