Bogotá bietet über 58 Museen und 62 Galerien. Neben dem Nationalmuseum und dem Museo de Arte Colonial gehört das 1938 eröffnete Museo del Oro zu den wichtigsten Museen der Stadt. Es beherbergt mit 38.000 Exponaten die weltweit wichtigste Sammlung präkolumbischer Goldkunstwerke. In einem 360-Grad-Schaufenster sind mehrere Tausend goldene Sonnen, Pflanzen und Tierfiguren, die im Dunkeln leuchten, in künstliche Landschaften eingebettet. Viele der Exponate stammen von der sogenannten Eldorado-Lagune von Guatavita. Dort fanden die Konquistadoren im Jahre 1560 zahlreiche Tierarten aus Gold: Affen, Fische, Kröten und auch einen Kaiman.
Interessant ist auch das Museum im Kloster von Santa Clara. Die zwischen 1619 und 1630 im Stil der Spätrenaissance erbaute alte Kirche der Klarissen ist zwar außen ein fast schmuckloser Bau, im einschiffigen Inneren jedoch ist sie mit einer üppigen barocken Pracht ausgestattet: vergoldete Hochaltäre, Gemälde der einheimischen Barockmaler Baltazar de Figueroa (1580–1667) und Gregorio Vázquez de Arce y Ceballos (1638–1711) und darüber eine gewölbte Decke aus leuchtenden Blattgoldornamenten.
Im Museo Botero sind außer einer Vielzahl von Werken von Fernando Botero auch die anderer Künstler wie Picasso, Miró, Edgar Degas und Claude Monet zu sehen. Weitere bedeutende Museen in Bogotá sind das Museo de Arte Moderno de Bogotá, das Museo Nacional de Colombia, das Museo de Arte Colonial, die Quinta de Bolívar, das Museo de los Niños de Bogotá und das Museo de Arte de la Universidad Nacional de Colombia.