Zahlreiche Straßen, darunter die Panamericana, verbinden die Stadt mit anderen Großstädten. Bogotá ist schachbrettartig aufgeteilt. Die Straßen sind nach „carreras“ und „calles“ nummeriert, wobei einige der großen Umgehungs- und Hauptverkehrsstraßen auch einen Namen tragen (wie beispielsweise Carrera 14 - Avenida Caracas).
In der Stadt existiert kein leistungsfähiges öffentliches Verkehrssystem mit hoher Kapazität, wie eine U-Bahn, Hochbahn oder Straßenbahn, das die Straße entlasten würde, jedoch brachte die Einführung des innovativen Verkehrskonzeptes TransMilenio, welches im Jahr 2000 in Angriff genommen wurde und noch immer im Gange ist, ein wenig Ordnung in das für lateinamerikanische Metropolen übliche Verkehrschaos.
Kern des Konzeptes ist ein Bussystem, das letztlich wie eine U-Bahn funktioniert: Den Großraumbussen stehen eigene Fahrspuren zur Verfügung, und es gibt – im Gegensatz zum sonstigen Busverkehr in Bogotá – klar definierte Haltestellen. Zubringer-Busse verbinden die Außenbezirke Bogotás mit den Transmilenio-Haltestellen. Weitere Teile des TransMilenio-Konzeptes sind ein neu angelegtes Netz von Fahrradwegen (ciclorutas), neue Grünanlagen und Fußgängerzonen im Stadtgebiet und der zweimal jährlich stattfindende Tag ohne Auto.
Bis 2015 plant die Stadtregierung von Bogota, sämtlichen motorisierten Verkehr während der täglichen Rushhour im Stadtzentrum zu unterbinden.
Die Fahrradwege sind in Bogotá seit dessen Einführung durch den ehemaligen Bürgermeister Antanas Mockus mit einer Länge von 303 Kilometern zu einem der größten Fahrradwegnetzwerke der Welt gewachsen. Diese Wege erstrecken sich vom Norden der Stadt (170. Straße) bis zum Süden (27. Straße) und von Monserrate im Osten bis zum Fluss Bogotá im Westen.
Die erste Pferdestraßenbahn fuhr am 25. Dezember 1884 in Bogotá, die erste elektrische Straßenbahn am 7. März 1910. Der Betrieb wurde am 30. Juni 1951 eingestellt. Trolleybusse verkehrten zwischen dem 12. April 1948 und 15. August 1991 in der Stadt.
Nahe der Stadt befindet sich der Internationale Flughafen, El Dorado International Airport, der von einer Vielzahl von direkten Linienflügen bedient wird.