Die meisten Züge kommen auf den drei großen Kopfbahnhöfen an, dem Keleti pályaudvar (Ostbahnhof), dem Nyugati pályaudvar (Westbahnhof) und dem Déli pályaudvar (Südbahnhof).
Vom auf Pester Seite gelegenen Ost- bzw. Westbahnhof gibt es Direktverbindungen in 25 europäische Hauptstädte, vom auf Budaer Seite gelegenen Südbahnhof wird u. a. der Plattensee angefahren. Alle drei Bahnhöfe sind mit der Metro erreichbar. Es gibt weitere, kleinere Personen- und Güterbahnhöfe.
Die Stadt liegt an einem Endpunkt der „Magistrale für Europa“, einem wichtigen transeuropäischen Projekt, mit dem bis zum Jahr 2015 zwischen Paris und Budapest eine Eisenbahn-Hochgeschwindigkeitsstrecke realisiert werden soll.