Die Stadt blickt auf eine lange Tradition als Festung gegen feindliche Invasoren zurück, wenngleich sie im 19. Jahrhundert zum Vertragshafen für Großbritannien und Japan ernannt wurde. Von 1242 bis 1278 hielten im 60 Kilometer nördlich von Chongqing gelegenen Hechuan die Streitkräfte der Song die mongolischen Heerscharen in Schach. Es war der längste ununterbrochene Feldzug auf chinesischem Boden.
1362 errichtete der Rebellenführer Ming Yuzhen (Yuan-Dynastie) das nur für kurze Zeit existierende Königreich Daxia in Chongqing. 1621 wurde dort das ebenfalls nur kurzlebige Königreich Daliang etabliert. 1891 wurde Chongqing der erste Inlandshafen in China, der für den Außenhandel geöffnet wurde.
1911 löste die chinesische Regierung mit ihrer Einmischung in den regionalen Eisenbahnbau landesweite Aufstände aus, die schließlich zum Sturz der Qing-Dynastie führten. In den folgenden vier Jahrzehnten kämpften rivalisierende Militärmachthaber, die sogenannten Warlords; um die lokale Vorherrschaft. Die von ihnen in der Region gegründeten nominell unabhängigen Staaten existierten bis ins Jahr 1955. Im Jahre 1929 erhielt Chongqing den Status einer selbständigen Stadt auf Provinzebene.