Etwa 75 Prozent der Bevölkerung von Damaskus sind sunnitische Muslime. Sechs Prozent der Einwohner sind Nusairier (Alawiten). Weitere vier Prozent verteilen sich auf Drusen, schiitische Ismaeliten, Maroniten, Jesiden und Juden.
15 Prozent sind Christen verschiedener Konfessionen. Die Melkitischen Orthodoxen bilden die größte christliche Gemeinschaft. Andere bekennen sich zur Armenischen Apostolischen Kirche und der mit Rom unierten Syrisch-Katholischen und Griechisch-Katholischen Kirche.
Auch Gläubige der Chaldäischen Kirche und der Assyrischen Kirche des Ostens, auch Apostolische Kirche des Ostens genannt, leben in der Hauptstadt. Daneben existieren noch verschiedene protestantische sowie römisch-katholische und syrisch-orthodoxe Gemeinden.
Obwohl es in der Geschichte von Damaskus ein paar Mal zu interkonfessionellen Auseinandersetzungen kam, wie beispielsweise 1860, ist das Zusammenleben vorwiegend friedlich geprägt. Der bedeutendste syrische Imam predigt, dass Muslime, Christen und Juden Brüder sind und man als guter Muslim Christen und Juden auch als seine Brüder behandeln solle.
Staatspräsident Baschar al-Assad hatte 2006 dem griechisch-orthodoxen Patriarchen von Antiochien, Ignatios Hazim, einen Weihnachtsbesuch abgestattet. Der Patriarch residiert in Damaskus. Es war der ersten Weihnachtsbesuch eines syrischen Präsidenten beim Patriarchen seit der Unabhängigkeit des Landes im Jahre 1946.