Die zwei Stadtteile wurden im Mittelalter vereinigt, wobei die trennende Mauer durchbrochen wurde. Die Rolle einer Hauptstadt verlor Fès nach der almoravidischen Gründung von Marrakesch im 11. Jh. und gewann sie wieder nach ihrer Einnahme durch die Meriniden im Jahre 1250.
1276 wurde unter der Herrschaft der Meriniden die neue Stadt El Medinet El-Beida („die weiße Stadt“) gegründet, und gleich mit Umfassungsmauer, Palästen und Gärten ausgestattet. Sie wurde bald unter der Bezeichnung Fès Djedid („das neue Fès“) bekannt, im Gegensatz zu Fès el-Bali, der alten Stadt. Die jüdische Bevölkerung von Fès el-Bali wurde um 1325 zwangsweise in die Nähe der neuen Palastanlage umgesiedelt. Die Mellah (Ghetto, in dem die Juden unter dem Schutz des Sultans leben, siehe auch Dhimmi) entstand an der Stelle eines früheren Garnisonsviertels für syrische Bogenschützen.
Am Anfang des 14. Jh. (Höhepunkt der hispano-maurischen Kunst) erlebte die Stadt einen großen Aufschwung. Die Universität von Fès (Qairawin) war in dieser Zeit weltberühmt. Über eine Karawanenpiste mit dem Hafen von Badis am Rifgebirge verbunden, stand Fès ununterbrochen mit dem islamischen Spanien und Europa in Kontakt. 1471 fiel die Stadt in die Hände der Dynastie der Wattasiden.