Am Morgen des 9. Oktober 1820 erklärte sich Guayaquil als erster Bestandteil des heutigen Ecuador für unabhängig von der spanischen Kolonialherrschaft. Die Unabhängigkeit wurde fast ohne Blutvergießen erreicht, da die 1.500 Soldaten eines Reserve-Grenadier-Bataillons und die Zivilbevölkerung Guayaquils die königstreuen Wachen und die spanischen Autoritäten schnell überwinden und gefangennehmen konnten.
Die Stadt gab sich den Status einer freien Provinz, die von José Joaquín de Olmedo als Jefe Civil regiert wurde. Die Freie Provinz Guayaquil umfasste die Küstenregion Ecuadors und Küstengebiete, die heute zu Südkolumbien und Nordperu gehören.
1822 trafen in Guayaquil die beiden "Befreier" Simón Bolívar (aus dem Norden kommend) und José de San Martín (aus dem Süden kommend) zusammen und unterzeichneten einen Kompromiß über enge staatliche Beziehungen zwischen den von ihnen begründeten Republiken. Guayaquil wurde daraufhin – ohne selbst explizit konsultiert zu werden – nach Großkolumbien eingegliedert. Seit der Abspaltung Ecuadors von Großkolumbien im Jahre 1830 gehört es zu Ecuador.