Im 19. Jahrhundert war Guayaquil vielfach Schauplatz bzw. Ausgangspunkt von militärischen Aufständen und Staatsstreichen:
Der erste fand im November 1830 statt und wandte sich gegen die Abspaltung von Großkolumbien. Er endete nach dem Tod Bolívars. 1833 wurde die Erhebung Vicente Rocafuertes nach einem Monat von Truppen des Präsidenten Juan José Flores niedergeschlagen. 1835 wurde Rocafuerte dennoch Präsident Ecuadors. Nach Ende seiner Präsidentschaft wurde Flores erneut sein Nachfolger und Rocafuerte Gouverneur von Guayaquil. Besonders sein persönlicher Einsatz bei der Bekämpfung einer Gelbfieber-Epidemie im Jahre 1842, die viele Todesopfer forderte, brachte ihm Anerkennung ein.
1845 endete die zweite Präsidentschaft von Flores nach einer Erhebung in Guayaquil, der eine Militärkampagne folgte, die Flores stürzte und ein Triumvirat aus José Joaquín de Olmedo, Diego Noboa und Vicente Ramón Roca an die Macht brachte. Diese Ereignisse gingen als revolución marcista (Märzrevolution) in die ecuadorianische Geschichte ein. Eine verfassunggebende Versammlung wählte schließlich Roca zum Präsidenten.
Am 17. Juli 1851 nahmen die Generäle José María Urbina und Francisco Robles den inzwischen als Präsidenten amtierenden Noboa bei einem Besuch in Guayaquil fest, verbrachten ihn außer Landes und proklamierten sich als Machthaber. Während der des Bürgerkriegs der "Nationalen Krise" der Jahre 1859/60 verlegte Präsident Francisco Robles zeitweise den Regierungssitz des Landes nach Guayaquil, um von dort eine peruanische Invasion abwehren zu können. Als sich die zunächst äußere Krise zum Bürgerkrieg ausweitete, bildete Guayaquil unter General Guillermo Franco eine eigene Regierung, die mit der inzwischen nach Riobamba verlegten Regierung Robles' zusammenarbeitete. 1860 nahmen jedoch von Quito anrückende Truppen des Konservativen Gabriel García Moreno (mit Unterstützung des alten General Flores) Guayaquil ein und stellten die Nationale Einheit unter einer von García Moreno gebildeten Zentralregierung zumindest formal wieder her.
Im September 1876 erhob sich nach der Ermordung García Morenos der neu ernannte Oberbefehlshaber der Streitkräfte, General Ignacio de Veintimilla, gegen dessen Nachfolger Antonio Borrero und ernannte sich zum Diktator. Er blieb zunächst nur kurz an der Macht, putschte 1878 erneut und regierte, bis er 1883 nach Ausbruch eines erneuten Bürgerkriegs aus dem Land floh.
1837 entstand aus einem Teil des Bistums Cuenca das katholische Bistum Guayaquil, das seit 1956 ein Erzbistum ist.