Die Entwicklung einer derart dynamischen Siedlung musste zwangsläufig die Aufmerksamkeit des Nordens auf sich ziehen. Gegen Ende des 17. Jahrhunderts hatten die Viet auf ihrem Marsch nach Süden das an das Khmer-Reich angrenzende Champa erobert, und im Verlauf des folgenden Jahrhunderts wurde die gesamte Region von der in Huế herrschenden Nguyễn-Dynastie eingenommen. Es wird dem vietnamesischen Adeligen Nguyen Phuc Chu zugeschrieben, aus dem Ort wieder eine nennenswerte Siedlung gemacht zu haben. Er wurde 1698 in die Region entsandt, um Verwaltungsstrukturen aufzubauen. Mit den neuen Herrschern kam auch ein neuer Name, Saigon, der vermutlich von dem vietnamesischen Wort für den Kapokbaum abgeleitet ist.
Als 1771 die Tây Sơn-Rebellion ausbrach, flüchtete Nguyễn Phúc Ánh, der geschasste Machthaber der Nguyễn-Dynastie, von Huế Richtung Süden nach Saigon. Nachdem er die Stadt zu seiner vorläufigen Hauptstadt erklärt hatte, ließ er sie vollständig mit Mauern umgeben und zur Festung ausbauen. Die achteckige Zitadelle Gia Dinh wurde auf den Rat seiner Geomantiker hin nach dem Vorbild einer blühenden Lotusblume gestaltet. Als Nguyễn Phúc Ánh nach der Niederschlagung des Aufstandes 1802 als Kaiser Gia Long nach Huế zurückkehrte, blieb Saigon sein regionales Verwaltungszentrum im Süden.
Die Armee, von der die Tây Sơn-Brüder bezwungen wurden, umfasste auch eine militärische Einheit der Franzosen, die in der Folge sieben Jahrzehnte mit den Vietnamesen um die Kontrolle über die Region rangen, um einen festen Handelsposten in Asien zu errichten.