Unmittelbar nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges in Ostasien, dem Tag nach dem Angriff auf Pearl Harbor, wurde Hongkong von den Japanern unter Sakai Takashi angegriffen. Die Verteidiger, darunter neben Briten auch Kanadier, Inder und Hongkonger, waren in der Unterzahl und konnten das Territorium nicht sehr lange halten; am 25. Dezember 1941, nach zweieinhalb Wochen Kampf, mussten sich die Briten unter Gouverneur Mark Aitchison Young den Japanern ergeben. Neuer Gouverneur wurde der Japaner Isogai Rensuke.
Am Ende des Zweiten Weltkrieges war Hongkong ein Trümmerhaufen und ein Armenhaus, danach wütete in China bis 1949 der Bürgerkrieg. Am 1. Oktober 1949 riefen die siegreichen Kommunisten die Volksrepublik China aus. Hunderttausende Konterrevolutionäre flohen daraufhin aus China nach Hongkong, viele ausländische Firmen verlegten ihre Vertretungen von Shanghai nach Hongkong.