Aufgrund der Nähe zum Äquator ist das Klima in Manaus tropisch: heiß und mit einer hohen Luftfeuchtigkeit. Während der Regenzeit von Dezember bis Mai gehen fast täglich starke Schauer nieder. Die Niederschlagsmenge pro Jahr beträgt über 2 Meter, weshalb auch der Wasserstand der Flüsse zwischen der Hochwasserperiode von März bis Juli und der Niedrigwasserperiode von August bis Februar um bis zu 14 Meter schwankt. Die Durchschnittstemperaturen der einzelnen Monate eines Jahres variieren nur sehr leicht zwischen 26°C und 28°C. Die Temperaturunterschiede zwischen Tag und Nacht können allerdings 20 Grad oder mehr betragen.