Das Musée des Beaux-Arts mit seinen Malereien aus dem 18. und 19. Jahrhundert und das Musée d'Histoire Naturelle mit seinen zoologischen und geologischen Ausstellungen befindet sich in den Seitenflügeln des Palais Longchamp (siehe Bauwerke). Das Musée d'Archéologie Méditerrannéenne und Musée d'arts Africains, Océaniens et Amérindiens befinden sich in der Vieille Charité, dem ehemaligen Krankenhaus der Armen. Die bildende Kunst der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts ist mit einer beachtenswerten Sammlung im Musée Cantini vertreten, gelegen im bürgerlichen 6. Arrondissement, wo auch die Präfektur ihren Sitz hat. Auch finden dort kontinuierlich Wechselausstellungen zur zeitgenössischen Kunst statt. Im 1852 bis 1860 am unteren Teil der Canebière, nahe des Alten Hafens erbauten Palais de la Bourse (Börse) befindet sich heute das Musée de la Marine et de l'Economie de Marseille, eine kommunale Institution zur Förderung der Wirtschaft. Dort finden auch Ausstellungen zu Handel, Wirtschaft und Verkehr statt.