Memphis war Zentrum der aufstrebenden Baumwollindustrie. Verkehrstechnisch günstig gelegen und umgeben von fruchtbarem Boden entwickelte sich hier ein Handelszentrum. Auch viele Pioniere und Händler, die sich weiter in den amerikanischen Westen orientierten, nutzten die Stadt am Mississippi als Basislager und Aufenthaltsort.
Endgültig an das Verkehrsnetz der USA angebunden wurde Memphis 1845, als fast gleichzeitig ein Hafen der US-Marine in der Stadt eröffnete und die Memphis and Charleston Railroad, die die Stadt mit der Atlantikküste verband, eröffnete. Memphis war zu dieser Zeit die sechstgrößte Stadt der USA.
Beim Ausbruch des Sezessionskriegs entstand für die Stadt eine schwierige Situation. Einerseits hing der wirtschaftliche Aufschwung der Stadt entscheidend von der Arbeit der Sklaven ab, zum anderen spielte der Handel mit den Nordstaaten eine zu gewichtige Rolle, um eine Sezession sinnvoll erscheinen zu lassen. Während des Krieges selber erlitt die Stadt auch nicht das Schicksal anderer großer Städte des Südens wie beispielsweise Atlanta. Die Wirtschaft florierte in dieser Zeit mit Händlern, die gleichzeitig Baumwolle an die Nordstaaten verkauften und Munition und Stahlwaren an die Südstaaten.
Im Krieg selbst wurde Memphis aufgrund seiner Lage wichtiger Nachschubpunkt, zuerst als Nachschubdepot für die Südstaaten. Bei der als Battle of Memphis bekannt gewordenen Seeschlacht, bei dem die Marine der Nordstaaten die der Konföderierten besiegte, hatten die an den Ufern des Mississippis sitzenden Einwohner der Stadt eine gute Aussicht, ohne ernsthafte Gefahren befürchten zu müssen. Nach dem Sieg der Nordstaaten diente die Stadt als militärisches Hauptquartier des Nordstaaten-Generals Ulysses S. Grant. Viele Loyalitäten in der Stadt blieben aber bei den Südstaaten. Immerhin ist noch der Forrest-Park nach Nathan Bedford Forrest benannt, einem Südsstaaten-General und angeblichen Gründer des Ku Klux Klans. Eine große Jefferson-Davis-Statue findet sich ebenfalls im Stadtgebiet.
Als sich 1866 viele schwarze Soldaten der Nordstaaten in der Stadt aufhalten, kommt es am 1. Mai erst zu Ausschreitungen und in den folgenden Tagen zu regelrechten Verfolgungen. Bis zum 3. Mai werden 48 Menschen, alle schwarz, ermordet. Viele Wohnhäuser und Kirchen von schwarzen Einwohnern der Stadt werden abgebrannt.
Nachdem Memphis endgültig Teil der Nordstaaten geworden war, zog die Stadt viele ehemalige Sklaven an. Die afroamerikanische Bevölkerung vervierfachte sich zwischen 1860 und 1870 von 4000 auf knapp 16.000 Einwohner. Die Emanzipation der Schwarzen wurde in der Stadt im Rahmen des Rechts vergleichsweise weitgehend umgesetzt, das Recht, lesen zu lernen, ebenso wie auch die Religionsfreiheit. Insbesondere schwarze Kirchen wurden eine wichtige Basis für den Einfluss der Afro-Amerikaner. Die Beale-Street-Baptist-Church von Prediger Morris Henderson galt als besonders einflussreich. Ed Shaw, der wichtigste politische Führer, saß im City-Council (Stadtrat), der County-Commission und stieg bis zum Hafenmeister auf.
Auf den Aufschwung folgte 1870 die Katastrophe. Durch Moskitos ausgelöstes Gelbfieber suchte die Stadt heim. 25.000 Einwohner verließen die Stadt. Von den 19.000 Einwohnern, die nicht flohen, steckten sich im schlimmsten Jahr 80% mit dem Gelbfieber an, ein Viertel der Bevölkerung starb. 1879 erklärte die Stadt offiziell ihren Bankrott. Erst in den 1880er-Jahren konnte durch ein neues Abwassersystem (das erste seiner Art weltweit) und die Einrichtung artesischer Brunnen die Epidemie gestoppt werden. Memphis gilt bis heute als eine der Städte mit dem saubersten Trinkwasser der USA.