Mogadischu wurde im 10. Jahrhundert von arabischen Kolonisten besiedelt. Viele Zuwanderer kamen von der Arabischen Halbinsel, ihr relativer Wohlstand stärkte sie wirtschaftlich und interkulturelle Ehen mit den einheimischen Somali sorgten schnell für Verbreitung des Wohlstands. In jener Zeit profitierte die Stadt stark vom Inlandshandel.
Die 1269 erbaute Fakr-ad-Din-Moschee zählt zu den ältesten islamischen Bauwerken Afrikas.
Zu Beginn des 16. Jahrhunderts fiel Mogadischu zunächst unter portugiesische Herrschaft, 1698 bzw. in der Mitte des 18. Jahrhunderts wurden die Portugiesen von Arabern aus Oman bzw. Sansibar abgelöst. Nach vorübergehender Unbotmäßigkeit und innerdynastischen Kämpfen nahm 1871 der Sultan von Sansibar die Stadt ein und verpachtete sie 1892 an Italien. Am 26. November 1896 wurde der italienische Generalkonsul Antonio Cecchi von Somali ermordet. 1905 wurde das Gebiet von Italien aufgekauft und Mogadischu zur Hauptstadt der Kolonie Italienisch-Somaliland.
Während des Zweiten Weltkrieges wurde die Stadt 1941 nach schweren Kämpfen schließlich von aus Richtung Kenia anrückenden britischen Truppen erobert, Italienisch-Somaliland kam unter britische Militärverwaltung und wurde 1950–1960 UN-Treuhandgebiet. 1960 wurde Mogadischu zur Hauptstadt des nunmehr unabhängigen Somalia.
In der Nacht vom 17. auf den 18. Oktober 1977 befreite die Eliteeinheit GSG 9 des Bundesgrenzschutzes auf dem Flughafen der Stadt die entführte Lufthansa-Maschine Landshut.[2]
1991 brach nach dem Sturz der autoritären Regierung unter Siad Barre der somalische Bürgerkrieg aus, der die Hauptstadt und das gesamte Land in Mitleidenschaft zog. Am 3. Oktober 1993 fanden im Rahmen der Schlacht von Mogadischu schwere Kämpfe zwischen US-Soldaten und einheimischen Milizen statt. Obwohl militärisch erfolgreich, führten die unerwartet hohen Verluste beider Seiten zum Verlust des politischen Willens zur weiteren Durchsetzung der Mission.
Der Bürgerkrieg hielt an. Aus Sicherheitsgründen konnte die nach Friedensgesprächen 2000 gebildete Übergangsregierung Somalias sich nicht in Mogadischu installieren, sondern musste zunächst in das kenianische Exil und ab 2005 nach Baidoa ausweichen.
Im Juli 2006 brachte die Union islamischer Gerichte die Stadt vollständig unter ihre Kontrolle und vertrieb die zeitweise in der ARPCT zusammengeschlossenen Kriegsherren. Im Dezember 2006 gelang es der Übergangsregierung mit massiver militärischer Unterstützung Äthiopiens, Mogadischu einzunehmen und die Union islamischer Gerichte zu verdrängen. Die Übergangsregierung versucht nun, sich in Mogadischu und im restlichen Land zu etablieren.[3]
2007 kam es in Mogadischu weiterhin zu schweren Kämpfen zwischen regierungstreuen Truppen, radikalen Kämpfern der Union islamischer Gerichte und Angehörigen des Hawiye-Clans, die den Abzug aller ausländischen Truppen fordern[4]. Bei den schwersten Kämpfen seit 15 Jahren sollen etwa 2.000 Menschen getötet, Tausende verletzt und Hunderttausende vertrieben worden sein[5][6]. Nach Ende dieser Kämpfe erklärte die Übergangsregierung Ende April, die Stadt vollständig unter ihre Kontrolle gebracht zu haben, und ernannte Mohammed Omar Habeb Dhere zum Bürgermeister und Abdi Hasan Awale Qeybdiid zum Polizeichef von Mogadischu. Qeybdiid verkündete ein Verbot des – bislang verbreiteten – Tragens von Waffen in der Stadt.[7]