Der erste Ming-Kaiser Hongwu erhob Nanjing 1368 erneut zur Hauptstadt Chinas und gab ihr den Namen Yingtian. In 21 Jahren bauten ca. 200.000 Arbeiter Nanjing zur größten Stadt der damaligen Welt mit einer geschätzten Einwohnerzahl von knapp einer halben Million aus. Aus dieser Zeit datiert die heute noch weitgehend erhaltene Stadtmauer. Nanjing erreichte damals erheblichen Wohlstand. Neben der traditionellen Textilindustrie konnten sich nunmehr auch Druckereiwesen und Schiffbau etablieren; Nanjing war damals Werftstadt für die größten Segelschiffe des Mittelalters und Heimathafen der Schatzflotte des Admirals Zheng He. Von hier aus gingen seine Reisen nach Indien, Arabien und Afrika. Nachdem Kaiser Yongle die Hauptstadt 1421 nach Peking („Nördliche Hauptstadt”) verlegt hatte, gab er Yingtian erstmals ihren heutigen Namen Nanjing, was mit „Südliche Hauptstadt” übersetzt werden kann.