Während der Qing-Dynastie trug die Stadt den Namen Jiangning (江宁) und diente als Regierungssitz des Vizekönigs von Liangjiang. Nanjing ist der historische Schauplatz der (erzwungenen) Öffnung des „Reiches der Mitte” zum Westen mit dem Vertrag von Nanjing (1842), der den Niedergang Chinas einläutete. Unter dem Namen Tianjing (天京, „Himmelshauptstadt”) war sie Mitte des 19. Jahrhunderts Zentrum des Taiping-Aufstands. Nach der Rückoberung durch Qing-General Zeng Guofan 1864 kamen durch Massaker bzw. Selbstmord 100.000 Bewohner ums Leben.