Pjöngjang gilt als die älteste Stadt der koreanischen Halbinsel. Der Name Pjöngjang bedeutet „ebenes Land“ oder „gemütvolle Umgebung“. Der Legende nach wurde es im Jahr 2333 v. Chr. vom Halbgott Dangun Wanggeom, dem mythologischen Staatsgründer Koreas, unter dem Namen Wanggŏmsŏng (kor. 왕검성, chin. 王儉城) gegründet.
Die geschriebene Geschichte beginnt 108 v. Chr. mit der Gründung einer chinesischen Handelskolonie in der Nähe der Stadt. 427 wurde Pjöngjang die Hauptstadt des Königreichs Goguryeo. 668 ist die Stadt von den Chinesen erobert worden. 1135 machte Myo Cheong, König von Goryeo (nach dem Korea im Westen benannt wurde), Seogyeong (heute Pjöngjang) zu seiner zweiten Hauptstadt.
Die japanische Armee besetzte Pjöngjang von 1592 bis 1593. Chinesische Streitkräfte nahmen die Stadt 1627 ein und setzten sie in Brand. Nachdem sich Korea dem Ausland geöffnet hatte, wurde Pjöngjang die Basis für die christliche Missionierung. In der Stadt sind über 100 Kirchen gebaut worden, und 1880 waren in der Stadt mehr protestantische Missionare als in jeder anderen asiatischen Stadt.
Während des Ersten Japanisch-Chinesischen Krieges (1894–1895) und den nachfolgenden Seuchen wurde Pjöngjang in weiten Teilen zerstört und fast vollständig entvölkert. In der japanischen Besatzungszeit (1910–1945) entwickelte sich Pjöngjang zu einem Industriezentrum.
Im Koreakrieg (1950–1953) ist die Stadt durch Luftangriffe erneut zerstört worden. Nach dem Krieg legte man zahlreiche Parks und breite Straßenzüge, gesäumt von großen Wohnhäusern an. Pjöngjang entwickelte sich zu einem politischen, wirtschaftlichen und kulturellen Zentrum sowie Verkehrsknotenpunkt des Landes.