Der Legende nach wurde Quito von einem Häuptling namens Quitumbe gegründet. Einer Version des Gründungsmythos zufolge überlebten Quitumbe und seine Lebensgefährtin Llira als einzige eine Sintflut, indem sie sich auf den Rucu Pichincha retteten. Nach dem Zurückgehen der Wasser wurden sie Stammvater und -mutter der Quitu. Nach einer anderen Version war Quitumbe Sohn des Häuptlings eines Volksstammes, der über das Meer zur Bucht von Caráquez (im heutigen Manabí) kam. Hiernach gründete er zunächst die Stadt Tumbes und zeugte mit Llira, einer Huancavilca-Prinzessin von der Insel Puná einen Sohn, bevor er einer Feder folgend ins Andenhochland zog und dort, wo sich die Feder zu Boden senkte, eine Siedlung und ein Reich gründete. [7]
Nach archäologischen Funden war die Quito-Hochebene seit etwa 1500 v. Chr. besiedelt, die bedeutendsten Funde gehen auf die so genannte Cotocollao-Kultur zurück, einer seßhaften Ackerbaukultur, die bis etwa 500 n. Chr. auf der Hochebene nachgewiesen werden kann. Geschichtliche Daten aus dieser Zeit sind nicht bekannt. Im 14. und 15. Jahrhundert befanden sich im Guayllabamba-Becken mehrere Siedlungen mit lokalen Häuptlingen. Zwischen ihnen bestand im Bereich der heutigen Plaza San Francisco in der Altstadt von Quito ein großer, dauerhafter Markt (von den Spaniern später als Tianguez bezeichnet). Es ist nicht nachzuweisen, dass die Siedlungen einer einheitlichen politischen Herrschaft unterstanden; sie scheinen aber zum Teil durch Heirat verbunden gewesen zu sein. Die Bewohner des Nordteils des Beckens, von spanischen Chronisten wie Pedro Cieza de León als Zambizas bzw. Quitos, Pillajos und Collaguazos bezeichnet, waren offenbar kulturell dem Bereich der weiter nördlich lebenden Cara zuzurechnen, während die im Süden lebenden Panzaleos sich von ihnen deutlich unterschieden. Der Handelsplatz war neben seiner wirtschaftlichen auch von strategischer Bedeutung, da er Begegnungspunkt andiner Völker mit den Quijos des Amazonastieflandes und den westlich der Anden lebenden Yumbo war.[8]
Aus dieser strategischen Bedeutung entwickelte sich vermutlich nach der Eroberung durch die Inka und später die Spanier die Idee eines Großreiches im Norden, dass dem Inkareich antagonistisch gegenübergestanden habe. Vor allem der Jesuit und Historiker Juan de Velasco (1727-1792) berichtet über ein Shyrireich genanntes Bündnis der Quitos, der Cara und anderer Stämme, deren Herrscherhaus sich im 14. Jahrhundert mit dem der Puruhá aus der heutigen Provinz Chimborazo vereinigte und dem sich im 15. Jahrhundert in der Verteidigung auch die Herrscher der Kañari anschlossen, so dass ein „Reich“ entstanden sei, das bis in den Norden des heutigen Peru (Paita, Piura) gereicht habe. Die Darstellung Velascos ist bereits von Pedro González Suárez (1844-1917) und Jacinto Jijon y Caamaño (1890-1950) heftig kritisiert worden; die moderne Geschichtswissenschaft findet keine Belege für die Existenz eines solchen Großreiches.[9]
Die Inka begannen vermutlich Mitte des 15. Jahrhundert damit, die Ebene um Quito zu erobern, wobei die Bemühungen Túpac Yupanquis wohl am Widerstand vor allem der Siedlungen des nördlichen Bereiches scheiterten und erst unter Huayna Cápac um 1480 eine endgültige Eroberung gelang. Nach der von Velasco geprägten Überlieferung wurde Paccha, die Tochter des letzten Quito-Herrschers Cacha Duchicela, eine der Frauen Huayna Cápacs und Mutter von dessen möglicherweise in Quito geborenem Sohn Atahualpa. Unter Huayna Cápac blieb der Handelsplatz bestehen und die heutige Altstadt Quitos wurde zum religiös-politischen Zentrum ausgebaut. Es wurde Herrschafts- und Gerichtssitz für den Bereich zwischen Riobamba im Süden und Otavalo im Norden und damit neben Cuzco und Cajamarca eine der wichtigsten Städte des Inka-Reiches. Die Herrschaftsstruktur über das Umland wurde auf den Ort hin zentralisiert, zur militärischen Kontrolle wurden Mitmaqkuna angesiedelt (u.a. Chacha, Kañari und Huancas).[10]