In der unter Simón Bolívar neu gegründeten Republik Großkolumbien war Quito zunächst Hauptstadt des so genannten Departamento del Sur, ehe dieses 1830 aus dem Bund austrat und sich als Republik Ecuador mit Hauptstadt Quito konstituierte.
Während des 19. Jahrhunderts bildeten Quito und die nördliche Andenregion den Rückhalt für konservative, kirchentreue politische Kräfte, während die Küstenregion um Guayaquil für säkulärere und freihandelsfreundlichere Tendenzen stand. Die politische Landschaft war von so genannten Caudillos geprägt, Militärs, die als Politiker agierten oder Politiker, die militärischen Rückhalt besaßen. Dies führte dazu, dass die Hauptstadt Schauplatz zahlreicher Staatsstreiche wurde. Die einschneidendsten dieser Machtwechsel waren die „Märzrevolution“ von 1845, die „Nationale Krise“ der Jahre 1859/60 und die „Liberale Revolution“ seit 1895. In der „Märzrevolution“ stürzte ein Triumvirat aus Guayaquil um José Joaquín de Olmedo den eher in der Andenregion unterstützten, ursprünglich aus dem heutigen Venezuela stammenden Präsidenten Juan José Fores stürzte. Im Bürgerkrieg von 1859/60 setzte sich der in Guayaquil geborenene, aber in Quito aufgewachsene klerikal-konservative Gabriel García Moreno im Bündnis mit Flores gegen eher liberale Truppen um Francisco Robles, José María Urbina und Guillermo Franco durch. Er errichtete daraufhin ein von vielen als Diktatur angesehenes klerikal-autoritäres Regime, das seinen symbolischen Höhepunkt in einer Zeremonie am 24. März 1874 in der Kathedrale von Quito fand, in der García Moreno und der Erzbischof von Quito, José Ignacio Checa, die Republik Ecuador offiziell dem Herzen Jesu weihten. Das Regime García Morenos, das die Bildungs- und Infrastrukturausstattung Ecuadors deutlich verbesserte, endete mit der Ermordung des Präsidenten 1875. 1877 wurde Erzbischof Checa durch mit Strichnin vergifteten Karfreitags-Meßwein vergiftet. Als Ergebnis folgender 20-jähriger Instabilität gelang es dem General Eloy Alfaro in der „Liberalen Revolution“ seit 1895 ein umfassendes Säkularisierungs- und Modernisierungsprogramm umzusetzen. Alfaro wurde 1912 nach einem gescheiterten Staatsstreich, den er gegen seinen Nachfolger Emilio Estrada unternommen hatte, von einer Menschenmenge aus dem Gefängnis gezerrt, ermordet und im Ejido-Park verbrannt.
Die Ära des Liberalismus in Ecuador fand ein erstes Ende in der „Julirevolution“ von 1925, einem Putsch von Militärs mittleren Ranges. Da während der liberalen Revolution ein stehendes Heer und damit von einzelnen Führern emanzipierte Streitkräfte geschaffen worden waren, waren Putsche seit der Julirevolution nicht mehr von Caudillos, sondern von Militärjuntas getragen und endeten in der Regel in der Übergabe der Macht an einen zivilen Präsidenten. Im Rahmen der so genannten „Glorreichen Revolution“ von 1944 spielten erstmals Großdemonstrationen eine bedeutende Rolle bei einem Präsidentensturz, als Arroyo nach Massenprotesten zurücktrat und José María Velasco Ibarra sein Nachfolger wurde. Velasco, ein wertkonservativer Politiker mit Rückhalt in der Andenregion, der aber zu Beginn der liberalen Partei angehörte und ein begnadeter Redner und Populist war, wurde insgesamt fünfmal Präsident und viermal von Militärs gestürzt. Der letzte Sturz Velasco Ibarras im Februar 1972 leitete die neunjährige Militärdiktatur in Ecuador ein. Im September 1975 kam es zu einem Gefecht rivalisierender Generäle um den Präsidentenpalast, als Raúl González Alvear versuchte, aus einem gegenüberliegenden Bestattungsinstitut heraus den amtierenden Rodríguez Lara zu stürzen, der sich aber mit Hilfe des Marineadmirals Alfredo Poveda verteidigen konnte, welcher 1976 auf unblutige Art sein Nachfolger wurde. Das Scharmützel forderte 17 Todesopfer und 80 verletzte unter den Soldaten und beschädigte den Präsidentenpalast schwer.
Seit den 1970er Jahren wurden die Erdölvorkommen in der ecuadorianischen Amazonasregion systematisch ausgebeutet, was besonders in den Zeiten der Ölkrise zu schnell steigenden Staatseinnahmen und einem wirtschaftlichen Schub für Quito, das zum Zentrum der Erdölwirtschaft wurde, sorgte. Der Staats- und Verwaltungsapparat wuchs schnell, ausländische Investitionen führten zu zusätzlichem Wirtschaftswachstum. Dies zog große Gruppen von Immigranten aus den umliegenden Provinzen an und verstärkte die seit den 1940er Jahren stadtfindende Landflucht in die ecuadorianischen Großstädte.
Auch nach der Rückkehr zur Demokratie 1978/79, der eine Wirtschaftskrise durch den Verfall der internationalen Erdölpreise folgte, hielt das Bevölkerungswachstum an. Die Bevölkerung Quitos verstärkte seither ihren Ruf einer „rebellischen Stadt“, da wiederholt Großdemonstrationen und Generalstreiks zum Sturz von Präsidenten führten: 1997 wurde Abdalá Bucaram zum Rücktritt gezwungen, 2001 Jamil Mahuad gestürzt und 2005 Lucio Gutiérrez abgesetzt.