Neben den Streitkräften sind die Telekommunikations- und die Biotechnologieindustrie die wichtigsten Industriezweige.
Der Aufstieg San Diegos zu einem der wichtigsten Zentren der Telekommunikation ist eng mit Qualcomm verbunden. Die 1985 von Dr. Irvin Jacobs gegründete Firma hat ihren Hauptsitz in San Diego und maßgeblich dazu beigetragen, dass San Diego zur weltweiten „CDMA-Hauptstadt“ wurde.
San Diegos Biotechindustrie rangiert unter den drei bedeutendsten Biotechnologiezentren der USA.
Die legendären Ryan Flugzeugwerke (Charles Lindberg, Spirit of St. Louis) gehören heute zum Northrop Grumman Konzern (NGC) als Business Unit Ryan Aeronautical Center, haben die typischen Hallen am Flughafen der Stadt verlassen und sind nach Rancho Bernardo einem nördlichen Stadtteil gezogen. Sie haben noch vor der Übernahme durch NGC das unbemannte Flugzeug Global Hawk entwickelt und gebaut.
Ferner sind in San Diego mehrere Schiffswerften beheimatet.
Die Zahl der Beschäftigten lag in der Region San Diego 2003 bei 1.481.400, die Arbeitslosenquote bei 4,3 % (Kalifornien 6,7 %). Die meisten Arbeitnehmer verzeichnet 2004 der Dienstleistungssektor mit 509.500, gefolgt vom Staat mit 206.600, dem Einzelhandel mit 137.000 und der verarbeitenden Industrie mit 103.900 Angestellten.