Neben der Mission Dolores Kirche (gegründet am 9. Oktober 1776) gibt es noch weitere sehenswerte Sakralbauten in der Stadt. Die Cathedral of Saint Mary of the Assumption an der Gough Street, Cathedral Hill, beeindruckt von innen und außen den Betrachter. Die 2.500 Plätze, welche sich um den Altar in einem Halbkreis anordnen, bieten den Gläubigen in der eher spartanisch ausgestatteten Kirche Platz für Messen. Die zentrale Kuppel, die sich über 15 Etagen in luftigen Höhen erstreckt, wird durch Strebepfeiler gestützt. Die Wände können somit aus Glas bestehen und verleihen dem Gotteshaus eine luftige Anmutung. Die Kirche wurde 1971 eingeweiht und ersetzt die alte Saint Mary Kirche, die 1962 durch einen Brand zerstört wurde. Der Neubau kostete ca. sieben Millionen Dollar. 1987 zelebrierte hier Papst Johannes Paul II. eine Messe, als er zu Besuch im Erzbistum San Francisco weilte.
Die Grace Cathedral, eine Episkopal-Kirche, befindet sich auf Nob Hill. Sie wurde im Jahre des Goldrausches 1849 als kleine Kapelle gebaut. Die dritte Kirche, welche erstmals Grace "Cathedral" genannt wurde, ist beim großen Erdbeben von 1906 zerstört worden. Der Eisenbahnbaron und Bankier Crocker vermachte sein Grundstück nach der Katastrophe der benachbarten Gemeinde. Die Arbeiten für das heutige Gebäude begannen 1928. Lewis Hobart baute sie im französisch-gotischen Stil. Die 1964 vollendete Kathedrale ist die drittgrößte Episkopal-Kirche in den USA. Angeblich soll sie durch ihre Beton-Stahl-Konstruktion erdbebensicher gebaut sein.
Die Catholic Cathedral of Saint Mary of the Immaculate Conception, Old Saint Mary's Cathedral genannt, an der California Street ist die älteste Kirche im romanischen Stil an der Westküste Nordamerikas.