Nach einer Volksabstimmung, in der sich am 12. Juni 1991 54% der Bevölkerung für die Rückkehr zum historischen Namen aussprachen, nahm die Stadt am 6. September 1991 wieder ihren ursprünglichen Namen an. Die umgebende Verwaltungseinheit blieb aber ebenfalls nach einer Volksabstimmung weiterhin das Leningrader Gebiet, russ. die Oblast Leningrad.
Bei dem Putschversuch gegen Boris Jelzin im Oktober 1993 sammelte der damalige Bürgermeister Anatoli Sobtschak die Anhänger der Demokratie um sich, es kam zu einer großen Demonstration vor dem Winterpalast gegen die Putschisten.
1999 wurde die Fläche der Stadt Sankt Petersburg durch die Satellitenstädte Kolpino, Puschkin, Gatschina, Sosnowy Bor, Lomonossow, Kronstadt, Peterhof, Schlüsselburg und angrenzende Vororte großzügig erweitert. Diese Städte gelten jetzt als Stadtbezirke von Petersburg und gehören daher nicht mehr administrativ und territorial zur Oblast Leningrad.
Am 27. Mai 2003 wurde das 300-jährige Jubiläum der Stadt begangen. Im Zuge dessen wurden im Vorfeld Teile der Altstadt und verschiedene Paläste saniert, sowie das legendäre Bernsteinzimmer rekonstruiert. Der russische Staat gab für die Rekonstruktionen ein bis zwei Milliarden Euro aus. Die deutsche Firma Ruhrgas, eng verbunden mit dem staatlichen russischen Energiekonzern Gazprom, hat sich erheblich durch eine Spende von 3,5 Millionen Dollar an den Kosten zur Rekonstruktion des Bernsteinzimmers beteiligt. Am 31. Mai des Jahres weihten Wladimir Putin und Gerhard Schröder offiziell das rekonstruierte Bernsteinzimmer ein.
Die Stadt stand das erste Mal seit langer Zeit wieder im Zentrum der Aufmerksamkeit der Weltöffentlichkeit. Da sich ein Großteil der Renovierungen allerdings auf die Fassaden und die besonderen Prunkstücke konzentrierte, vermuteten Kritiker, dass es sich hierbei um – geschichtlich ohnehin eng mit Petersburg verbundene – Potjomkinsche Dörfer handele.
Inzwischen (2004/05) sind die kritischen Vermutungen, alle Arbeiten würden nur für die Festtagsgäste zum 300-jährigen Jubiläum durchgeführt und danach eingestellt, verstummt. Die Renovierungen der Stadt gingen auch nach den Feierlichkeiten weiter und dauern, auch durch private, oftmals ausländische, Investitionen an.