Von 1625 bis 1644 war Shenyang unter dem Namen Mukden (奉天 Fèngtiān) die Hauptstadt des Mandschurischen Staates. Deshalb steht dort der einzige kaiserliche Palast (故宫 Gùgōng) Chinas außerhalb der Verbotenen Stadt in Peking. Er wurde errichtet von Nurhachi und von seinem Sohn Huang Tai Chi (1592-1643) beendet. Von hier aus eroberte die Qing-Dynastie China und regierte es bis zum Ende des Kaiserreiches 1911. Die ersten Kaiser der Qing-Dynastie sind in bedeutenden Gräbern um Shenyang bestattet.
1931 kam es hier zum Mukden-Zwischenfall, der der Auslöser für die Mandschurei-Krise war und als dessen Folge die Mandschurei von Japan besetzt und der Staat Mandschukuo gegründet wurde.