Shenzhen besteht aus sechs Stadtbezirken: Luohu (羅湖), Futian (福田), Nanshan (南山), Yantian (鹽田), Bao'an (寶安) und Longgang (龍崗). Die Sonderwirtschaftszone (SEZ, engl. Special Economic Zone) besteht aus Luohu, Futian, Nanshan und Yantian.
Die Migration in die Sonderwirtschaftszone ist stark reglementiert, eine Folge sind große Vororte außerhalb der Zone, in der sich Migranten aus ganz China sammeln. Die eigentliche SEZ ist durch Kontrollposten von den übrigen Teilen Shenzhens abgeteilt. Einer dieser Kontrollposten ist in Meilin. Die SEZ darf theoretisch nur mit einem speziellen Pass betreten werden.
Die bedeutenden Finanz- und Handelszentren befinden sich in dem an Hongkong angrenzenden Stadtteil Luohu mit einer Fläche von 78,89 km². Futian (78,04 km²), der Stadtbezirk, in dem sich die Stadtregierung befindet, liegt im Herzen der SEZ. Mit einer Fläche von 164,29 km² ist im Stadtteil Nanshan im Westen der SEZ High-Tech-Industrie angesiedelt. Außerhalb der SEZ finden sich Bao'an (712,92 km²) und Longgang (844,07 km²), die im nordwestlichen bzw. nordöstlichen Teil von Shenzhen liegen. Der Stadtbezirk Yantian (75,68 km²) ist der Knotenpunkt für die logistischen Aktivitäten von Shenzhen.