Die Stadt Jaffa ist sehr alt, archäologische Ausgrabungen zeigen, dass der Ort schon 3.500 vor Christus besiedelt war. In der Bibel taucht Joppe als Hafen der Tarsis-Schiffe auf (Buch Jona).
Im Mittelalter und noch vor der Gründung Israels war Jaffa eine arabische Stadt. Im Mittelalter war Jaffa sowohl militärisch als auch in punkto Handel sehr wichtig und behielt diese Bedeutung auch in der Neuzeit. Jaffa war von Gottfried von Bouillon 1100 befestigt worden, und erfolglos von Daimbert von Pisa, dem ersten Lateinischen Patriarchen von Jerusalem für sich beansprucht worden. Als Hugo II. du Puiset 1134 gegen König Fulko rebellierte, wurde die Grafschaft in eine Reihe kleinerer Einheiten aufgeteilt, Jaffa selbst wurde Krongut. Im Königreich Jerusalem führte gewöhnlich der Thronerbe den Titel "Graf von Jaffa und Askalon". Heinrich von Champagne hinterließ Jaffa seinen Töchtern als Morgengabe. Nach dem Tod von Alice von Champagne fiel Jaffa an ihre Tochter Maria von Champagne, die mit Walter von Brienne verheiratet war. Nach dem Tod von Alice 1246 fiel es an ihren Sohn, König Heinrich I. von Lusignan. Zwischen 1246 und 1247 belehnte Heinrich I. Johannes Ibelin mit Jaffa. 1268 eroberten die Mameluken die Stadt und beendeten die Herrschaft der Kreuzfahrer.