Etwa im 13. Jahrhundert bildeten sich in der Region um Makassar kleine Königreiche der hier siedelnden Bugis- und Makassar-Stämme. Sie waren gefürchtete Seefahrer, die die Meerenge der Straße von Makassar kontrollierten. Ab dem 16. Jahrhundert entwickelte sich die Stadt zum führenden Handelszentrum des östlichen Indonesien. Die Herrscher der Stadt verfolgten eine Politik des freien Handels und erlaubten allen europäischen Handelsmächten die Errichtung von Niederlassungen.
Mit Verlust von Malakka 1641, stieg die Bedeutung von Makassar für die Portugiesen als Handelszentrum für Seide, Sandelholz und Diamanten. Der Handelsposten war 1521 gegründet worden und arbeitete unter dem Schutz des Sultans. In den 1620ern lebten 500 portugiesische Händler ständig in Makassar, 1660 waren es 2.000. 1660 griff eine starke niederländische Flotte Makassar an. Das Fort Panakkukang wurde gestürmt und der Sultan gezwungen, einen Vertrag zu unterzeichnen, der die Ausweisung der Portugiesen verlangte. Der Sultan zögerte dies aus wirtschaftlichen Gründen bis 1665 hinaus, doch dann verließen die letzten Portugiesen die Stadt.
1669 übernahmen die Niederländer endgültig die Kontrolle über die Stadt. Die Festung wurde in Fort Rotterdam umbenannt. Sie wurde in holländischer Zeit gründlich umgebaut und diente als militärisches und administratives Zentrum für Süd-Sulawesi. Der danach beginnende Niedergang endete erst im 19. Jahrhundert, als die Holländer die Stadt erneut zum Wirtschafts- und Verwaltungszentrum des südlichen Sulawesi aufbauten. Im Zweiten Weltkrieg war Makassar japanisch besetzt, im seit 1949 unabhängigen Indonesien entwickelte es sich zur Millionenmetropole.