Die Aufteilung Polens in Senioratsherzogtümer 1138 schwächte das Land und die Einfälle der Ruthenen und Litauer gingen bis nach Masowien. Daraufhin wurde der Handelsweg, der vom Schwarzen Meer bis zur Ostsee führte, vom Westlichen Bug auf das linke Weichselufer verlegt. Dies führte zu einer wirtschaftlichen Blüte der Warschauer Siedlung Jazdow, in der auch die masowischen Herzöge eine ihrer Burgen errichteten. Jazdow wurde 1262 von den Litauern zerstört und die Bewohner von Jazdow errichteten ihre Siedlung drei Kilometer nördlicher in der heutigen Warschauer Altstadt von neuem. Auch der Herzog von Masowien Bolesław II. Mazowiecki gab die Burg in Jazdow (heute befindet sich dort das Schloss Ujazdowski) auf und errichtete ein Schloss innerhalb der Altstadt (das heutige Warschauer Königsschloss). Sein Hauptsitz blieb aber Plotzk. Zwischen 1281 und 1321 wurde Warschau dann die ersten Male urkundlich erwähnt, obwohl die Lokationsurkunde nicht mehr erhalten ist. 1334 verlieh Trojden I. Warschau das Kulmer Stadtrecht und viele Kaufleute aus Thorn siedelten sich in der Stadt an. Wahrscheinlich nannten sie die im heutigen Stadtteil Mariensztat gelegene Siedlung Solec, die sich gleich südöstlich unterhalb des Weichselkliffs an die Altstadt anschloss, „Warszowa“ oder „Warszewa“, wovon sich der heutige polnische Name Warschaus „Warszawa“ herleitet. 1339 fand in Warschau ein bedeutender Rechtsstreit zwischen Kasimir III. von Polen und dem Deutschen Orden statt und 1356 wurde durch Siemowit III. das erste Kloster des Augustiner-Ordens in Warschau gegründet. Zu dieser Zeit entstanden die meisten Gebäude in der Altstadt, allen voran die gotische Johanneskathedrale und das Schloss der masowischen Herzöge, das spätere Königsschloss.