Die meisten Kinder wechseln nach der Primarschule prüfungsfrei in die dreijährige Sekundarschule. Die Gemeinden bzw. Schulkreise haben dabei die Wahl aus zwei Organisationsformen, die Dreiteilige oder die Gegliederte Sekundarschule. Die Dreiteilige Sekundarschule umfasst die Abteilungen A, B und C, die auf unterschiedlichen Anforderungsstufen geführt werden. A ist die anspruchsvollste Stufe. Die Schulkreise Uto, Letzi, Waidberg, Zürichberg, Glattal und Schwamendingen führen eine dreiteilige Sekundarschule. An der Gegliederten Sekundarschule werden Stammklassen und Niveaugruppen gebildet. Dieses Modell führt in der Stadt Zürich nur der Schulkreis Limmattal. Die Oberstufenschule K+S steht musikalisch, tänzerisch oder sportlich besonders begabten Jugendlichen offen.
Nach einer bestandenen Aufnahmeprüfung besteht nach der 6. Klasse der Primarschule auch die Möglichkeit in die Unterstufe des Gymnasiums (Progymnasium) einzutreten. Das sog. Langzeitgymnasium (6 Jahre) wird in der Stadt Zürich an den Kantonsschulen Rämibühl (Real- und Literargymnasium), Hohe Promenade, Freudenberg, Wiedikon und Oerlikon angeboten.